O inacreditável talento de Bernini chamou a atenção do papa Urbano VII, que o nomeou principal arquiteto da Basílica de São Pedro. Foi nessa condição que Bernini reorganizou e decorou o interior da Basílica. Na verdade, sua contribuição para a magnificência da igreja, tal como a vemos hoje, é maior até do que a de Michelangelo. São dele as duas mais importantes obras no interior da Basílica: o enorme Baldaquino sobre o altar pontifical e o Trono de São Pedro.

O Baldaquino (1624) é uma obra única: Bernini escolheu para o altar mor o local que fica exatamente acima do túmulo de São Pedro; ali colocou grandes bases de mármore, nos quatro cantos em torno do altar, e nelas ergueu colossais colunas de bronze dourado, trabalhadas em espiral, que sustentam o baldaquino propriamente dito. É de uma originalidade espantosa e nada que se iguale foi feito desde então.

Emoldurado pelo baldaquino e dominando a nave, Bernini colocou o magnífico Altar da Cátedra de São Pedro. Cheio de simbolismo, o mármore da Aquitânia e o jaspe da Sicília, sobre os quais se apóia o monumento, representam a solidez e a nobreza dos fundamentos da Igreja. As quatro gigantescas estátuas que sustentam a cátedra representam Santo Ambrósio, Santo Agostinho, Santo Atanásio e São João Crisóstomo, Doutores da Igreja.

No centro do altar, foi colocada em 1666 a cátedra de bronze dourado dentro da qual se encerra a cadeira episcopal do século IV, simbolicamente atribuída a Pedro. Pairando sobre o Trono, uma “glória” em estuque branco e dourado circunda o óculo que filtra uma luz dourada para dentro da nave